BioRetis
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Die BioRetis GmbH wurde vor gut 10 Jahren gegründet mit dem Ziel, eine bioinformatische Plattform für analysierte Transkriptomdaten anzubieten.

Konzept
Sie dient zum Zweck der Speicherung von Grundauswertungen und Vergleichsanalysen. Als Werkzeug zur Selektion von Kandidatengenen ist sie mit  einem optimierten Algorithmus zur Identifikation differentiell exprimierter Gene ausgestattet. Da die Plattform als online Datenbank mit Nutzerkonten und Zugriffsrechten ausgestattet ist, kann sie für den Geschützen Austausch von Transkriptomdaten in Forschungskooperationen eingesetzt werden.

Datenformat und Inhalt
Die Plattform ist spezialisiert auf Transkriptomdaten im Format von HG-U133 GeneChips der Firma Affymetrix. Schwerpunkt sind Datensätze aus den Bereichen Immunologie und Entzündung sowie Gewebedifferenzierung. Insbesondere zellspezifische Expressionsprofile von sortierten Populationen sind ein Kerngebiet. Onkologische Datensätze sind im Aufbau. Derzeit sind knapp 2000 verschiedene veröffentlichte Transkriptome aus Gene Expression Omnibus und ArrayExpress integriert . In ungefähr gleichem Umfang sind Nutzer-spezifisch Datensätze gespeichert mit eingeschränktem Zugriff. Daraus leiten sich mehr als 1000 Gruppenvergleiche  und über 50.000 paarweise Vergleich zwischen Transkriptomen ab.

Zugriff
Veröffentlichte Transkription Datensätze sind für alle registrierten Benutzer einsehbar und abfragbar. Nutzerspezifische Datensätze können zunächst nur vom Besitzer selbst eingesehen und analysiert werden. Ein umfangreiches Rechte-System erlaubt die Daten mit andere registrierten Nutzern spezifisch mit unterschiedlichen Qualitäten zu teilen, entweder nur zum Abfragen, zur Mitanalyse auch von Untergruppen, oder sogar mit der Erlaubnis Zugriffsrechte zu erteilen.

Analyseoptionen
Mit der Grundanalyse der Transkriptome werden für jedes Gen / Probeset Informationen zur Expressionsstärke je Array sowie zu verschiedenen Vergleichsmerkmalen zwischen zwei Arrays bereitgehalten. Aus diesen Informationen kann der Nutzer abhängig von den Zugriffsrechten Vergleiche zwischen Gruppen und Untergruppen selbst anlegen. Mit den daraus berechneten Unterschiedsmerkmalen zwischen zwei Gruppen können über ein optimiertes Auswahlverfahren alle differentiell explizierten Gene herausgesucht werden. Alternativ können auch eigene Auswahlkriterien gesetzt werden bis hin zur Auswahl selbst-definierter Gengruppen. Auch können mehrerer Gruppenvergleiche in Kombination abgefragt werden. Diese Ergebnisse können heruntergeladen und nach Wunsch weiterprozessiert werden.